Pada masa perang sipil antara Roma dan pembangkang Cesar termasuk Pompey, Legio VIIII Hispana atau Legiun IX Romawi ikut serta dalam pertempuran itu bersama Legiun VII, VIII dan X yang menjadi Legiun tertua di Romawi pada musim panas tahun 49 SM.
Tak lama kemudian mereka sempat memberontak karena dipindahkan ke Placentia, di musim semi 48 SM mereka lalu dipindahkan ke Dyrrhacium dan mengalami kekalahan cukup berat dalam pertempuran Pharsalus (9 Agustus 48 SM) mereka dalam pertempuran itu bergabung bersama Legiun VIIII, Setelah pertempuran itu mereka dikirim pulang kembali ke Italia dan dipensiunkan.
Legiun ke-9 yang ikut serta dalam perang Actium dikirim ke daratan Spanyol, legiun ini turut serta dalam misi untuk memerangi Cantabrians yang berlangsung antara tahun 25 SM hingga 13 SM. Ini adalah perang yang sangat besar dimana dalam peperangan ini Legiun I Germanica, II Augusta, IIII Macedonica, V Alaudae, VI Victrix, X Germina, XX Valeria Victrix, dan legiun lainnya, mungkin diantara nya legiun VIII Augusta.
